L´estructura de la Fundació està basada en Programes, cadascú al seu àmbit, mitjançant els quals es desenvolupen els diferents projectes; i compta amb els següents òrgans per a la seua direcció i govern:

· El Patronat: Òrgan suprem de govern, administració i representació. Les seues funcions fonamentals són l´establiment de les línies generals d´actuació i l´aprovació dels plans, els programes, els pressupostos i els comptes de la FGUV.

· El Consell Executiu: Òrgan col·legiat que exerceix per delegació del Patronat les facultats de gestió ordinària, a excepció de les indelegables legalment.